Occorre prestare attenzione all'uso di HEPES: regolare il pH in base alla temperatura sperimentale, controllare la concentrazione, evitare la luce e l'imballaggio per evitare la decomposizione,evitare elevate concentrazioni o ripetuti cicli di congelamento e scioglimento, filtrare e sterilizzare dopo la preparazione, eseguire rigorosamente operazioni asettiche e effettuare la verifica della compatibilità prima dell'esperimento per garantire l'accuratezza sperimentale.